26日，吴、丁、马三人减从前往云岘宫，盛邀李昰应出城阅兵。李昰应欣然前往，被袁世凯等一众清兵扶入肩舆，连夜押送大清国。

逮捕李昰应毕，吴长庆迅督各部，进占汉城，捕杀兵变魁首二十二人，翌日一早，迅发文告：今年六月之变，皆言尔国太公实知其事。我国皇帝赫然震怒，念尔国太公既知其事，必能得其主名，自圆其说。今统领北洋水师丁军门暂与尔国太公航海诣阙，处人骨肉之间，全恩严义，我大皇帝自有权衡，必不至于尔国太公有所深责。但举动仓卒，恐尔上下臣民未谕斯意，妄生疑惧，以元代执高丽忠宣、忠惠为例，大负乎圣意之高深。

壬午兵变终于平定，朝鲜国王李熙迅召吴长庆、马建忠、张謇等，痛心疾首道：自今以后，必洗心革面，惩前毖后，政令之从前不便于民者，悉令除之，择循良之吏，以牧群生，讲究实效，思与一国更始。

吴长庆道：痛定思痛，前事不忘，后事之师。

马建忠道：当务之急，速与倭人重启和谈，诸事谈拢，倭兵自退。

李熙道：惩凶、赔偿、道歉，倒也应该，惟倭人驻军汉城，确属千古大患。

吴长庆道：吾即奏请庆军留驻汉城，以杜倭人狼子野心。

马建忠道：吾大清国以外，任何一国，皆不可驻军汉城。惟倭人招摇，易招人恨，此次兵变，被杀之十三倭人即乃实例；预防万一计，此后倭人公使馆内，可置兵员若干备警。若朝鲜兵民守律一年以后，倭国公使以为不要警备，不妨撤兵。

袁世凯闻悉，怒曰：朝鲜之事如治疮，然马建忠挟倭以自重，视约规如儿戏，倭国驻军一事，不誓死一驳也就罢了，反为倭人自圆其说，殊属可恨！马某一日不死，则疮不可为也。

张謇道：朝鲜善后，万不敢马虎！吾有通人心以固国脉、破资格以用人才、严澄叙以课吏治、谋生聚以足财用、改行阵以练兵卒、谨防圉以固边陲，可解此困顿！

吴长庆道：以汉朝之制，重置玄菟、乐浪二郡；按后周之式，于朝设置监国；驻扎重兵于朝鲜各海口；改革内政，训练新军；与吾东三省联作一气，互相声援；分路出兵，归复琉球，彻断倭人溢出之念。如此善后，朝国无恙。