隆庆还记得李妃的嘱托，便对沙勿略道：“朕想派乐工向你学习这些西洋乐器，不知先生意下如何？”以帝王之尊，能对人尊敬有加，这是这位皇帝身上，很动人的一点。
“微臣愿意为皇上效劳。”沙勿略一口答应下来。
“还有你进献的自鸣钟，朕也十分喜欢。”隆庆又道：“但那个大自鸣钟，宫中无人会操作，还得你来指导一番。”在沙勿略所进献的贡品中，最令皇帝感兴趣的就是那些自鸣钟，其中最大的一台，足足有七尺多高，运进宫里时，还没有调试好，不走也不响。皇帝命太监去修，但其原理与那些小钟表完全不同，太监们也束手无策。
面对皇帝的要求，沙勿略自然无不应允，还说要操作维护起来并不难，两三天就可以学会。于是隆庆命令他立即进行调试，并派身边最有学问的太监——冯保，带着钦天监的四名太监去参观学习钟表技术，并让他们三天内将大钟修好。
在以后的三天里，沙勿略不分昼夜地给太监们，解释自鸣钟的原理和使用方法，想方设法造出汉语里还没有的词语，使太监们能够理解他的讲解。冯保等人学习也很刻苦，为了防止出差错，他们一字不落地把沙勿略的解说记录下来，帮助记忆自鸣钟的内部构造，以便将来独立地进行调试。
三天还没有到，隆庆皇帝就迫不及待地来瞧那大钟，当他看着指针有力的匀速走动，发出‘嘀嘀嗒嗒’的声音，皇帝非常高兴，狠狠的夸奖冯保等人一番，并要赏赐沙勿略。
冯保讨好的笑道：“主子，沙先生说了，这只是这大钟的表盘部分，其实还有钟摆没安装呢。”
“为何不装上？”隆庆奇怪道。
“因为太高太大了，内殿里装不下。”三天时间，在沙勿略的刻意亲近之下，冯保已经和这个‘外国大才’结下了挺深的友谊，所以替沙勿略说话道：“沙先生说，他有一份钟楼图纸，如果皇上愿意，他可以为此钟制作一座精美的钟楼。”有工程就有赚头，怪不得他如此热心。
“这个呀……”隆庆十分心动，但觉着会破费不小，不免踯躅道：“还是缓缓吧。”他想到年底就会有一百万两银子进账，到那时建个钟楼还不轻松？
冯保以为皇帝不喜欢这个提议，连忙闭口不提。
虽然皇帝没有答应修建钟楼，但还是给予沙勿略‘宫廷乐师’的身份，允许其出入禁宫，教授几名小太监学习西洋乐器，然后再由他们回头转授给李贵妃。
沙勿略的交际能力特别之强，才教了那些太监三天，就又和他们混熟了。通过交谈，他已经知道，其实是皇帝的贵妃要学这些乐器，不由奇怪道：“为何不直接来学？还得让你们转授，这样效果差很多的。”
太监们吃吃笑道：“您要想直接教娘娘，也不是不可以，只要和咱们一样，下面挨上一刀就成。”
沙勿略虽然是个不近女色的苦修士，但不代表他可以舍弃自己的蛋蛋，看着那些太监不怀好意的目光，他只感觉股间一阵凉飕飕，赶紧捂住下面道：“不、不……”
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沙勿略之所以如此逢迎宫中，是因为他通过这些年的观察和研究，发现大明世界自有其运行规矩。不像是在印度那样，只要获得地方官员和一般民众的认同，就可以很好的传播主的福音。但在大明只获得这些人的心，对整个传教事业是远远不够的，一定要获得至尊皇帝的支持……假若不溯至皇帝这个根子，从他那里着手，大门就永远不可能向神圣福音打开。反之，只要能赢得皇帝的心，则自由传教便指日可待了。
正因为如此，沙勿略和他的传教团队，才把目标牢牢锁定在皇帝身上。但他们太心急了，完全把沈默给他们划定的路线抛之脑后……结果，在他们还沉浸于和皇帝拉上关系的喜悦时，便已经惹得一些人看不顺眼了，先是有礼科官员上本说：‘这些西洋人非我族类，所带之物又都是神仙方士的东西，这等不明之人怎能留下？’
内阁请示皇帝，隆庆当然不高兴了，就让他们把奏疏压下来。见皇帝没有回旨，官员们就又奏了一本，这次拿出了朝廷规矩，说凡是外国使团，在京城逗留是有时间限制的，既然他们已经见过皇上，就该速速打发他们离去，不能再将他们留在京师，以免他们每天想家。
然后礼部的官员又连续上了几份奏疏，隆庆皇帝不胜其烦，只得不让沙勿略再进宫。沙勿略这才知道，自己对大明的了解还是不够……在这里，只讨好皇帝是远远不够的，因为为数众多的官员阶层，其综合影响力，甚至还要超过称孤道寡的皇帝。
传教士团这才慌了神，他们后悔没听沈默的话，现在成了众矢之的，连皇帝也不管他们了……如果真要这样离开北京，那么耶稣会努力二十年的成果，就会付诸东流，谁也承担不起这个损失。
沙勿略只好再次去向沈默求救，却连吃闭门羹，他知道沈大人这是在表达不满，心里也是十分羞愧。回去后写了一封信，向沈默表达万分歉意，并发誓不会再违背他的意志，肯请他不吝援手。
有了白纸黑字在手，沈默这才让手下的官员停下火力，再让自己在工部的学生上疏，言道：‘京城钟表已经不少，随时都会发生故障，如果沙勿略等西洋人不在，就无法保证钟表的正常运转，那么千金换来的昂贵玩意儿，就成了破铜烂铁，这是谁也不愿看到的。故奏请皇帝将沙勿略等人留在京城，负责修理钟表。
这话才正中隆庆下怀，但他听了沈默的话，没有明旨批复这份奏疏，而是让太监正式通知，沙勿略等人可以长期住在北京，每月由大内拨付他们生活费用。
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又休息一天，身上终于有劲了……