这部电影还有一个很明显的问题就是剧情中出现了严重的时间错乱。

拉莉在和雅各布聊天时有提到奎妮加入格林德沃阵营是大约一年之前发生的事情，对应第2部的设定可以得知此时应该是在1928年左右。

之后剧情里面有很多地方又提到当应该是在1932年。

然而我还看到过一个评论说拉莉手里拿着那本书是1935年出版的。

除此之外，邦蒂和麻瓜箱包师聊天时说到她已经为纽特工作了8年零164天，而在第二部时她才刚开始作为纽特的助手没多久。

综合来看，这里一定是有时间乱流出现了。

第3部的时候甚至还出现了一些和前作在观念取向上的矛盾。

《哈利波特》系列到了后期表达的一种理念就是没有绝对的善和恶，没有简单的黑白二元论。强调的是选择的重要性，讲的是错误发生了之后要努力改正。

然而《邓布利多之谜》中选举的最终结果几乎完全由麒麟的选择决定，而麒麟选人依据的是‘是否有一颗纯洁的心’，这里模糊了选择的重要性，而且有善恶二元论的倾向。

国际巫师邦联领导人的选举这么重要的一件事，由一只神奇动物左右结果，实在是过于简单了，并不符合《神奇动物》这个系列成人向的定位。事实上，这比《哈利波特》更加童话向。

更不必说，一个庞大的政治组织的领导人最重要的特质并不是‘拥有一颗纯洁的心灵’，而邓布利多本人也并不十分符合‘纯洁的心灵’这一特质。

这一处的剧情安排以及所表达的内核和《哈利波特》系列的核心理念有所冲突。